幼年时,主人公直枝理树因双亲去世而陷入自闭。某日,在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little Busters”的少年们:枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾,他们宣布由于世界面临巨大的危机,不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即,他们来到了近处的蜜蜂巢穴,与蜜蜂们展开了搏斗,最终弄得浑身被蜇伤,又引起了火灾,召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此,他们带领着理树走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动,却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。《Little Busters》不停的尝试各种新活动,经历了许许多多成败。虽然像傻瓜一样尽做蠢事,但却过得非常快乐。理树也渴望着“这样的时光能永远延续下去就好了”。长大后五人一同进了全宿制高中。如今已是二年级生的他们,依然过着快乐而温馨的每一天。某日,三年级的恭介提议组建棒球队。在恭介的提案下,为了凑够人数大家开始寻找队员。随后,理树和铃在一只名为列侬的猫身上找到一张纸条,上面写着这样的讯息:请找出这个世界的秘密……