第 2 季包含《毁灭木叶行动篇》和《纲手搜索篇》 《毁灭木叶行动篇》(日语:木ノ葉崩し編)火影忍者第三篇章,在2003年10月8日-2004年4月21日期间播出,改编自原作漫画的第90-138章。故事直接延续中忍考试预选过后,所有晋级者各自修炼后参加正式选拔赛。但比赛过程中,敌人突如其来展开的“毁灭木叶行动”迫使考试中断,导致各个下忍、上忍以及三代火影,为了保护木叶村而与敌人展开背水一战。 《纲手搜索篇》(日语:綱手搜索編)作为火影忍者第四篇章,在2004年4月28日-10月27日期间播出,改编自原作漫画的第139-171章。主要讲述经过毁灭木叶行动过后,为了使群龙无首的木叶村重回全盛时期,鸣人跟随之前陪他修炼的师父自来也,一起去寻找离村多年的初代火影孙女纲手,打算让她接任火影之位。但另一边,毁灭木叶的罪魁祸首大蛇丸,同样把魔掌也伸向纲手。后半段为动画首个原创剧情篇章,在2004年9月15日-10月27日期间播出。主要讲述纲手接任五代火影之后,鸣人、小樱以及康复的佐助,负责保护茶之国少年森乃伊驮天而让他赢下一场赛跑,避免外面的敌人前来干预伊驮天的比赛。