Det har uppfunnits ett botemedel mot mutanterna och nu ställs de inför ett livsavgörande val. Antingen kan de fortsätta leva isolerade från omvärlden, eller så kan de ge upp mutantkrafterna och blir vanliga människor. Den omvälvande möjligheten tvingar dem att ta ställning. Valet står mellan att ge upp det som gör dem unika för att slippa ständig förföljelse – eller att slåss för rätten att få vara sig själva. När motsättningar uppstår mellan den fredlige mutantledaren Charles Xavier och den stridslystne Magneto tornar den slutliga striden upp sig.