Starodávna povesť sa naplní, keď sú Pokémoni Articuno, Zapdos a Moltres vyrušení zo stáročnej harmónie. Keď sú narušené samotné sily prírody, závisí život na zemi od nečakanej spolupráce legendárneho Pokémona Lugia a mystického vyvoleného, ktorý bol predpovedaný legendou. Dokáže Ash Ketchum nabrať odvahu na to, aby zachránil svet?