NCIS gaat over een groep speciale agenten in dienst van NCIS (Naval Criminal Investigative Service) hun doel is onderzoek te doen naar alle misdaden die gelinkt zijn aan de marine. Dit kan lopen van moord op een marinier tot spionage op militair domein, van drugs dealen tot verkrachting. Ze doen het op hun eigen onorthodoxe manier, maar krijgen dit toch gedaan.