Het is begin jaren dertig en het commando van de Japanse keizerlijke marine besluit om 's werelds grootste en meest formidabele slagschip, Yamato, te bouwen. Een van de admiraals, Yamamoto Isoroku, is het daar niet mee eens. Hij recruteert de beginnende wiskunde-expert Tadashi Kai, die ontdekt dat er discrepanties bestaan tussen de officiële kostenramingen en de werkelijke cijfers. Ze komen er al snel achter dat ze op een complot zijn gestuit.