Le conseguenze del Levely e del Raid su Onigashima, così come la cancellazione del Regno di Lulusia, causano grandi cambiamenti in tutto il mondo che potrebbero portare a una guerra globale. I Pirati di Cappello di Paglia, seguendo la loro Log Pose, arrivano alla misteriosa e futuristica isola di Egghead dove risiede il super genio Dr. Vegapunk. Tuttavia, dopo essere stati informati sulle ricerche di Vegapunk riguardo i 100 anni del grande Vuoto, il Governo Mondiale decide di inviare la squadra CP0 per assassinare Vegapunk. Il tradimento e gli intrighi da tutte le parti portano a un assedio dei marine sull'isola che si trasformerà in un incidente che sconvolgerà il mondo intero.