Kenji Fujikido es un asalariado cuya esposa e hijo fueron asesinados en una guerra de territorio ninja. En un roce con su propia muerte, Fujikido está poseído por un enigmático alma ninja conocida como Naraku Ninja. Fujikido engaña a la muerte y se convierte en "Asesino de Ninjas", una Parca destinada a matar al malvado ninja, comprometida en una guerra personal de venganza. Ubicado en el submundo distópico de Neo-Saitama, Ninja Slayer se enfrenta al ninja Soukai Syndicate en un combate mortal.