Kunisaki Yukito er en rejsende, nogensinde søger `pige i skyrene` fra en legende gået ned i hans familie. Hans rejse fører ham til en lille kystby, hvor han møder Misuzu, en pige, der synes ivrige efter at blive hans ven. En historie der rækker sig over tusind år begynder at udfolde sig på baggrund af deres mærkelig forhold.