Los de Sombrero de Paja llegan a la metrópolis oceánica de Water 7 para encontrar un carpintero que pueda reparar el Going Merry y, potencialmente, unirse a su tripulación. Pronto se convierten en el objetivo de la familia Franky, la pandilla clandestina de la ciudad, y se involucran en un complot dentro de la Compañía Galley-La. La temporada se centra en la intriga de Water Seven cuando Nico Robin deja la tripulación para aparentemente unirse a Cipher Pol No. 9, una organización oculta bajo el gobierno mundial mientras los Piratas de Sombrero de Paja son acusados de un intento de asesinato a Iceberg, el líder de Water Seven y la compañía Galley-La. Mientras tanto, los secuaces de Franky le roban la mayor parte de su dinero a Usopp antes de que puedan usarlo para reparar el barco. Más tarde, después de descubrir que el Going Merry no era reparable, Usopp se marcha cuando Luffy admite a regañadientes que el barco está acabado.