Nach Mulders Verschwinden kehrt Scully zum FBI-Hauptquartier zurück und findet dort Special Agent John Doggett vor, der eine Fahndung nach ihrem Partner einleitet. Da Scully und Skinner wissen, dass sich diese Art der Suche als aussichtslos erweisen wird, wenden sie sich an die Lone Gunmen, in der Hoffnung, Informationen über weitere UFO-Aktivitäten zur Zeit von Mulders Verschwinden zu erhalten. Obwohl diese Informationen sie zu Gibson Praise führen, ist der Mann, der Gibson begleitet und der Mulder zu sein scheint, in Wirklichkeit ein außerirdischer Kopfgeldjäger. Schließlich wird Agent Doggett klar, dass Mulder nicht so leicht zu finden sein wird, und er wird offiziell den X-Akten zugeteilt. Nach allem, was sie mit Mulder durchgemacht hat, ist Scully nun "die Gläubige" und muss einen Weg finden, mit "dem Skeptiker" John Doggett zusammenzuarbeiten.